In de jaren zestig werd een begin gemaakt met de bebouwing van de Hoornespolder. Al snel werd een urgentieverzoek ingediend door de “Vereeniging voor Gereformeerd Onderwijs” bij de inspecteur van het Lager Onderwijs. Het duurde toen nog vier jaar, maar in september 1964 werd gestart met een eigen school. Weliswaar was er nog geen eigen gebouw, en nog geen grond, maar het begin was er!

De eerste maanden werd onderdak gevonden in de Beatrixschool. In december kon de Marnixschool haar eigen noodbehuizing betrekken: 2 houten noodlokalen in de Nolenstraat, 42 leerlingen, 1 hoofdmeester en 1 leerkracht. Inmiddels was het bestuur (nu Vereniging voor Christelijk Onderwijs op Gereformeerde Grondslag) met de gemeente in onderhandeling over de grond. Eerst was een stuk grond hoek Hoorneslaan / Biltlaan toegewezen. Dat was niet naar wens, de ligging was niet centraal genoeg. Uiteindelijk kwam in 1965 een terrein aan de Schimmelpenninckstraat voor de school beschikbaar. Op dit stuk kon meteen een kleuterschool gerealiseerd worden. Een primeur: de eerste school in de Hoornespolder!

Kleuterschool De Klimroos werd op 7 december 1966 officieel geopend. Intussen stond de Marnixschool hoog op het prioriteitenlijstje van de gemeente. Het wachten was op het loskomen van de benodigde gelden. Toen in 1967 de financiering rond was, kon de eerste paal de grond in.

Op 30 augustus 1968 was het zover. De Marnixschool aan de Schimmelpenninckstraat opende haar deuren voor 180 leerlingen. De officiële opening vond plaats door de wethouder van onderwijs, de heer Haasnoot. Hij sprak de woorden: “Moge de school, net als Marnix van St. Aldegonde, principieel en soepel zijn, open voor een nieuwe tijd”.
De bebouwing in de Hoornes breidde steeds verder uit en de school groeide als kool. Zes jaar na de opening telde de school 300 leerlingen. In 1971 werden er plannen gemaakt voor de aanbouw van een vleugel aan de westelijke zijde. Deze vleugel werd in september 1973 op feestelijke wijze in gebruik genomen. Nu had iedereen een plek in zijn eigen school.

Met de invoering van de Wet op het Basisonderwijs, 1 augustus 1985 was het de bedoeling dat de Marnixschool (lager onderwijs) en De Klimroos (kleuteronderwijs ) samen zouden smelten tot één basisschool. In 1993 was het eindelijk zover. De Klimroos geïntegreerd in de Marnixschool, met een prachtig speellokaal erbij.

De herkomst van de naam ligt in het feit dat in 1964 bij de toenmalige schoolvereniging twee scholen behoorden, nl.  de Gespard de Colignyschool en de Calvijnschool. Deze namen zijn ontleend aan mensen, die een geweldige invloed hebben gehad op de ontwikkeling en verbreiding van het Reformatorisch gedachtengoed.

Het is begrijpelijk dat voor de naam van de derde school ook gezocht werd in deze richting. Het werd de MARNIXSCHOOL, naar Marnix van Sint Aldegonde, voluit: Filips van Marnix, Heer van Sint-Aldegonde.